北京市已公布并实施从总体规划到控制性详细规划的多层级规划文件。北京中轴线的保护管理体系由遗产地整体和遗产构成要素两个层次构成。在遗产地层面，北京市已成立北京市推进全国文化中心建设领导小组，由市领导牵头，负责统筹中央、北京市、区等多个政府层级，及文物、规划、文化与旅游、园林绿化、交通、水务等多方面业务部门协商议事，协同、落实遗产保护相关重大事项。北京中轴线遗产保护中心负责执行、落实具体决策，以及遗产监测、档案管理等日常管理工作。遗产影响评估和灾害应对机制已纳入遗产管理体系。

在遗产构成要素层面，15处遗产构成要素均已建立专门的遗产管理机构，具体负责遗产的日常维护、保护、监测、研究和展示等工作的实施。北京中轴线的保护也得到多方利益相关者的积极支持，他们切实参与到遗产保护管理的决策制定过程之中。